История Новороссийского судоремонтного завода начинается с 1918 года, когда 26 января 1918 года был опубликован декрет Совета Народных Комиссаров о национализации Торгового Флота (в том числе всех судоремонтных и судоходных предприятий), 5 мая 1918 года в Новороссийске было передано порту расположившееся у основания Восточного мола постройка паровозного депо, которое принадлежало Владикавказской железной дороге.
С течением времени депо, эллинг и остатки частных мастерских объединились в одно предприятие – мастерские порта, что явилось началом зарождения в Новороссийске базы судоремонта, которая в последствии расширилась в судоремонтный завод.
Мощный толчок к развитию завод получил в послевоенные годы: как ремонтная база как торгового, так и военного флота на Черноморском бассейне.
В первые послевоенные годы были отремонтированы и введены в строй причалы, построенные еще в 19-м веке (1894-96 г.), с глубинами до 7 метров.
В 1960-70 гг. завод получил новые судоремонтные причалы с глубинами до 11 метров . В дополнение к блоку цехов № 3 (в котором размещались до 1962 года почти все цехи завода) и литейному цеху построен корпусно - сварочный цех ( блок цехов № 2) площадью 4 000 м2 и блок цехов № 1 площадью 17 000 м2 с мостовыми кранами г/п 10, 30 и 80 тонн, оснащенный тяжелым и зачастую уникальным металлорежущим оборудованием. Все основные цеха приближены к причальному фронту, что характерно для всех судоремонтных заводов.
В связи с пополнением флота Новороссийского пароходства новыми судами Правительством СССР было принято решение и в 1985-1992 гг. были построены объекты для обеспечения ремонта крупнотоннажных судов типа «КРЫМ» и «ОБО» водоизмещением до 182 тысячи тонн. В августе 1985 г. завод пополнился уникальным плавучим доком грузоподъемностью 60 тысяч тонн, расположенным на внешней акватории порта и защищенным от штормового воздействия новым оградительным молом длиной более 1 км (для сравнения, длина Восточного мола, построенного в 1892-95 гг., порядка 800 метров). 
В результате такого развития с учетом новых судоподъемных средств, глубоководных судоремонтных причалов, оборудованных для стоянки и ремонта крупнотоннажных судов и новых производственных площадей на берегу завод получил возможность проводить ремонт торговых судов и военных кораблей любых размерений всех типов и классов, которые в состоянии пройти в Черное море по условиям мореплавания (водоизмещением до 200 тысяч тонн).
http://www.nsrz.ru/rus/history.shtml
В 1992 году предприятие было акционировано.
К середине 2000х годов наблюдается значительное снижение удельного веса судоремонтного производства в общей выручке если в 2001 году он составлял 63.7%, то к 2005 снизился до 26.3%. При этом в период спада начали доминировать перегрузочные операции по перевалке грузов на неиспользуемых причалах и площадях завода. Судоремонтное производство является убыточным и существует от приличных доходов от деятельности перегрузочного производства.
В 2005 году в рамках гособоронзаказа отремонтированы такие судна, как МПК «Суздалец», МПК «Поворино», БПК «Керчь», «СБ‐4» – на сумму более 49 миллионов рублей http://www.nsrz.ru/rus/doc/god05.pdf.
По итогам 2005 года получен убыток в размере 75 млн. руб.
В 2006 году государственный оборонный заказ составил 120 млн. руб, но количество заказов на ремонт коммерческих судов продолжало снижаться http://www.nsrz.ru/files/1746051072007report2006.pdf.
| № п.п | Наименование показателя | ед.изм | 2001 год | 2002 год | 2003 год | 2004 год | 2005 год | 2006 год | 2007 год | 2008 год | 2009 год | 2010 год | 2011 год | 2012 год | 2013 год |
| 1. | Выручка от работ по судоремонту | млн. руб | 519.4 | 612.4 | 347.2 | 139.5 | 170.6 | 191.6 | 111.5 | 89.5 | 97.4 | 69.7 | 45.2 | 58.7 | |
| 2. |
Удельный вес |
% | 63.7 | 60.2 | 47 | 23 | 26.3 | 27.3 | 15.9 | --- | --- | 7.7 | --- | 7.3 | |
| 3. | Количество отремонтированных судов | суд. | 26 | 39 | 35 | 37 | 40 | 43 | 25 | 9 | 28 | 20 | 21 | 16 | |
| 4. | Средняя стоимость ремонта одного судна | млн.руб. | 19.9 | 15.7 | 9.9 | 3.7 | 4.2 | 4.4 | 4.4 | 9.9 | 3.4 | 3.4 | 2.1 | 3.6 |
Чистая прибыль в 2012 году составила 114.5 миллионов рублей, полученной по большей части от использования простаивающих мощностей завода как пункта перегрузки (перевалки) различных товаров с морских судов на сушу http://www.e-disclosure.ru/portal/company.aspx?id=1563.
2013 год. ОСК (Объединенная судостроительная корпорация) готова инвестировать 5 млрд рублей в Новороссийский судоремонтный завод для обслуживания Черноморского флота РФ http://vpk.name/news/87280_osk_gotova_investirovat_5_mlrd_rublei_v_novorossiiskii_sudoremontnyii_zavod_dlya_obsluzhivaniya_chernomorskogo_flota_rf.htm
Программа развития этого головного филиала предполагает вложений 1,5 млрд рублей из федерального бюджета и 3,5 млрд из заводских средств.